Макото и его союзники выросли и прошли через много встреч, расставаний и испытаний. Их борьба ведется уже не ради мира, а ради их самих. Они продолжают сражаться, веря, что в конце их ждут мирные дни. Однако Юки утверждает, что разрушение — это судьба человечества, которую люди должны принять.
Макото Юки перевелся в частную академию Гэккокан и на него напал странный монстр, называемый Тенью. Он пробудил в юноше необычную силу, позволяющую вызывать Персону. Увидев большой потенциал Макото, члены секретного школьного клуба SEES, ведущие борьбу с этими существами, предлагают парню присоединиться к ним. Всегда от всего отстраненный Макото равнодушно принимает предложение, однако со временем он начинает чувствовать крепкую связь с новыми товарищами.
Сики Рёги – странная девушка из древнего и влиятельного рода. В любую погоду она ходит в кимоно, не любит общаться с посторонними, а из развлечений предпочитает прогулки по самым темным уголкам ночного Токио. Более-менее понимают ее только двое – циничная волшебница Токо Аодзаки и скромный гений оперативной работы Микия Кокуто. Вот такая веселая троица под чутким руководством Токо работает в агентстве «Храм пустоты», занимаясь всем, что приносит деньги – от дизайна до сверхъестественных
Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Между героями нарастает напряжение.
Жуткие существа скрываются во тьме, охотясь на тех, кто блуждает в скрытый Тёмный час, который лежит между одним днём и следующим. Секретный школьный клуб, известный под названием SEES, защищает человечество от ужасов и бедствий. Его основная цель - разгадать тайну Тёмного часа раз и навсегда.
После столкновения с серийным убийцей и его покровителями Сики Рёги на два года провалилась в кому. Блуждая в пустоте на границе жизни и небытия, она рассталась с одним даром и приняла другой – запретные Глаза Смерти, абсолютное оружие вселенной Type-Moon. Обретение внутренней цельности и поиск нового смысла жизни не дались бы Сики без поддержки старого друга Микии Кокуто и помощи новой подруги и работодателя – волшебницы Токо Аодзаки. Так встретились три странных личности, а в итоге родилось